FLCL Alternative

Muitos anos se passaram desde que Naota e Haruhara Haruko se aventuraram juntos. Enquanto isso, a guerra entre as duas entidades conhecidas como Medical Mechanica e Fraternity se espalha pela galáxia. Hidomi, uma jovem adolescente que acredita que não nada surpreendente acorrerá em sua vida normal, até que um dia, quando uma nova professora chamada Haruko chegar à sua escola. Logo, Medical Mechanica ataca sua cidade e Hidomi descobre um segredo dentro dela que poderia salvar a todos, um segredo que só Haruko pode desbloquear.

As duas séries de seis episódios estavam programadas para o final de 2017 e início de 2018, mas a equipe anunciou que ambos seriam lançadas em 2018 com uma pausa entre eles. As duas temporadas terão histórias completamente separadas.Os 12 episódios serão uma sequela do anime original de 2000-2001.